يتكون الكتاب من ثلاثة أبواب رئيسية: يضم الباب الأول أربعة فصول تعنى بموضوع تعريف الأحياء الدقيقة واكتشافها وأهميتها في حياة الإنسان والطرق المستعملة في دراسة الأحياء الدقيقة والسيطرة عليها وكذلك نشأت علم الميكروبيولوجيا، أما الباب الثاني فيدرج تحته ستة فصول تناقش تقسم علم الأحياء الدقيقة وتعريفها، والتركيب العام، وفسيولوجية هذه الكائنات وبيولوجيتها أما الباب الثالث فيظم ستة فصول تعنى بالجانب التطبيقي للأحياء الدقيقة في حياة الإنسان بصفة عامة والزراعة بصفة خاصة، حيث تناقش الدور الذي تقوم به الأحياء الدقيقة في مجال الأمراض النباتية، التصنيع الغذائي، الألبان، ميكروبيولوجيا، المياه والمجاري.